W strukturze szpitala znajduje się Wojewódzka Przychodnia Chorób Zakaźnych do której kieruje się pacjentów leczonych szpitalnie, jak i z zewnątrz oraz Wojewódzka Przychodnia Dermatologiczna mieszcząca się przy ul. Kurpińskiego 5 w Bydgoszczy.
Na bazie trzech oddziałów szpitala funkcjonuje Katedra i Klinika Chorób Zakaźnych i Hepatologii Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Bydgoszczy. Organem tworzącym dla szpitala jest samorząd województwa kujawsko-pomorskiego.
Historia Szpital dziecięcy Od 1870 roku właścicielem nieruchomości przy ulicy św. Floriana było probostwo bydgoskie. Ks. Józef Turkowski sprowadził tu w 1880 roku siostry miłosierdzia św. Wincentego à Paulo z Chełmna (szarytki) w celu pomocy dzieciom i młodzieży polskiejGordon Wincenty. Zakład św. Floriana i siostry wincentynki. [w:] Kalendarz Bydgoski 1985. Siostry początkowo założyły ochronkę dla małych dzieci oraz szwalnie dla starszych dziewcząt. 4 maja 1898 r. przy udziale proboszcza bydgoskiego ks. Józefa Choraszewskiego, władz miejskich, lekarzy i darczyńców otwarto 12-łóżkowy szpital dla dzieciBoguszyński Mieczysław: Od warsztatu balwierskiego do szpitala klinicznego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008. . Początkowo był to budynek parterowy, w podwórzu mający kilka sal, w których mieściły się łóżka chorych.