Pierwszym lekarzem naczelnym został dr Stanisław Warmiński, stryj dr Emila Warmińskiego - lekarza zasłużonego dla polskiego ruchu narodowego w Bydgoszczy, patrona Szpitala Miejskiego. Personel, a wśród nich lekarze polscy i niemieccy oraz polskie szarytki, pracowali społecznie, bez pobierania wynagrodzenia. W 1901 r. dzięki pomocy hrabiny Potulickiej, w oddzielnym budynku zorganizowano oddział dla dzieci zakaźnie chorych. W latach 1905–1906 w placówce przebywało jednocześnie ok. 200 dzieci. Siostry szarytki zajmowały się nie tylko opieką nad chorymi dziećmi, ale także organizowały kolonie letnie korzystając z pomocy polskich właścicieli ziemskich. W roku 1908 nieruchomości przy ul. św. Floriana nabyła hrabina Aniela Potulicka, a rok później zapisała je na własność zgromadzenia sióstr szarytek - Zakład św. Floriana. Wówczas szpital dysponował 36 łóżkami i utrzymywał się wyłącznie z datków Polaków i ziemian m.in. hrabiny Potulickiej z Potulic i Bnińskiej z Samostrzela. W 1906 r. dr Stanisław Warmiński w testamencie przekazał na rzecz szpitala wszystkie swoje oszczędności. Dzięki temu w latach 1907-1910 zbudowano nowy neogotycki budynek szpitalny według projektu budowniczego W. Plucińskiego z Chełmna. Otwarty 6 maja 1910 r. budynek spełniał całkowicie wymogi ówczesnego szpitalnictwa.