Istniał również specjalny oddział wirusowego zapalenia wątrobyEncyklopedia Bydgoszczy, t. 5. Medycyna. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , s. 134-135. W 1953 szpital uzyskał obecną nazwęBydgoski szpital zakaźny od 70 lat przy ul. św. Floriana. Wpływ na rozwój placówki miało powołanie w 1985 r. na terenie szpitala Katedry i Kliniki Chorób Zakaźnych Akademii Medycznej w Bydgoszczy pod kierownictwem dr. hab. med. Waldemara Haloty i jego zastępcy dr hab. med. Małgorzaty Pawłowskiej.
W odpowiedzi na zachorowania AIDS klinika rozwinęła specjalistyczne badania w tym kierunku i stała się ośrodkiem referencyjnym zakażeń HIV. W 2011 r. dzięki środkom otrzymanym z budżetu województwa (ok. 18 mln zł), otwarto – obok starego, nowoczesny, czterokondygnacyjny gmach łóżkowy dla chorych wraz z izbą przyjęć. W starym budynku, który poddano modernizacji (wymiana pokrycia dachowego i części instalacji, remont elewacji) pozostawiono m.in. administrację i niektóre laboratoria15 mln zł na inwestycję w szpitalu zakaźnym. Więcej przestrzeni dla pacjentów. W 2022 wyłoniono wykonawcę nadbudowy historycznego budynku B o jedno piętro (koszt: 18,1 mln zł).