W 1914 r. w części budynku uruchomiono lazaret dla rannych żołnierzy niemieckich. Po 1920 roku w szpitalu leczono zarówno dzieci, jak i dorosłych. Istniały oddziały: dziecięcy (dr Franciszek Nowicki), oczny (dr Kazimierz Szymanowski), uszno-gardlany i zakaźny (dr Jan Kantak), chirurgiczno-ginekologiczny (dr Jan Montowski). Chorobami płuc zajmował się dr Władysław Baranowski. W 1929 r. szpital unowocześniono i zwiększono liczbę łóżek ze 116 do 140. W okresie okupacji szpital służył leczeniu żołnierzy Wehrmachtu. 24 lutego 1940 r. zwolniono siostry szarytki, których miejsce zajęły Niemki.
W 1945 r. szpital użytkowało wojsko. Wiosną 1946 r. umieszczono w nim szpital Garnizonowy, który zlikwidowano w 1948 r., przenosząc go do Torunia.
Szpital zakaźny Funkcję szpitala zakaźnego w Bydgoszczy spełniał od 1889 r. Oddział Epidemiczny, a w okresie międzywojennym Szpital Chorób Zakaźnych przy ul. Żwirki i Wigury 11. Oddział zakaźny istniał również przy Szpitalu Diakonisek. 29 stycznia 1949 r. na bazie dotychczasowego wielospecjalistycznego Szpitala św. Floriana powołano Miejski Szpital Zakaźny, przenosząc oddział ze szpitala przy ul. Seminaryjnej. W tym czasie posiadał 155 łóżek w 3 oddziałach i zajmował się zarówno leczeniem dorosłych, jak i dzieci.