Badania archeologiczne mały|Fragment posadzki z kościoła św. Marii Magdaleny odkryty podczas wykopalisk archeologicznych. W latach 1996-1998 na placu, zajmowanym niegdyś przez kościół, badania archeologiczne prowadziło Muzeum Archeologiczne w Poznaniu. Ustalono wtedy, że obszar zajęty przez partię wschodnią kościoła (prezbiterium) został w znacznym stopniu zniszczony usytuowaniem w tym miejscu w 1944 roku zbiornika przeciwpożarowego. Kolejne prace wykopaliskowe na Placu Kolegiackim prowadzone były przez Wydział Archeologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w latach 2016-2021M. Ignaczak, A. Sikorski, A. Dębski, M. Sikora, Wyniki badań na placu Kolegiackim (stan. 3) w Poznaniu 2016–2017. W: J. Wierzbicki (red.), Badania archeologiczne na Nizinie Wielkopolsko-Kujawskiej w latach 2013–2017, Poznań 2018, s. 243–254. ISBN 978-83-85872-13-9. W trakcie pięciu sezonów badań odkryto liczne fragmenty murów i krypt, fragmenty ogrodzenia kościoła, kruchty wejściowej i średniowiecznych posadzek. Znaleziono fragmenty tynków i drobinki spiżowe pochodzące z dzwonów. Ponadto archeolodzy odkryli także ponad 1600 pochówków pochodzących z całego okresu funkcjonowania kościoła farnego. Pochówki te obrazują przekrój poznańskich elit od XIII do XVIII wiekuA. Dębski, M. Ignaczak, M. Sikora, A.