Jonathan Vaughters (ur. 10 czerwca 1973 w Denver) – amerykański kolarz szosowy, obecnie dyrektor sportowy ekipy UCI ProTour Garmin-Sharp.
Jako zawodnik specjalizował się w jeździe indywidualnej na czas i jeździe po górach.
Kariera zawodowa Vaughters ściganie rozpoczynał w latach 80., w rodzinnym Kolorado, startując w serii wyścigów dla młodzieży. Wyróżniał się dobrą jazdą na wzniesieniach, co spowodowało, że został szybko uznany za dobrze rokującego zawodnika. W 1993 roku zajął 2. miejsce w Tour of Venezuela, a jego osobą zainteresowała się europejska drużyna profesjonalna - Porcelana Santa Clara. Mimo obaw ze strony rodziców, Jonathan podpisał z nią kontrakt i postanowił rozpocząć zawodową karierę na Starym Kontynencie.
W 1997 roku przeniósł się do amerykańskiej ekipy Comptel. W jej barwach wygrał Mistrzostwa USA w jeździe indywidualnej na czas i zameldował się na 3. miejscu w wyścigu ze startu wspólnego. Te osiągnięcia, w połączeniu z innymi sukcesami na amerykańskiej ziemi, pozwoliły mu na podpisanie profesjonalnego kontraktu z ekipą US Postal. Dwa lata ścigania się w tej drużynie przyniosły największe sukcesy. W 1999 r. zajął 2. miejsce w Dauphiné Libere, ustępując jedynie Aleksanderowi Winokurowowi i wygrywając czasówkę na legendarnym Mont Ventoux (ustanowił również rekord trasy).