Pech jednak znowu dopadł Amerykanina, podczas 14. etapu został ukąszony nad prawym okiem przez osę. Stosowany w celach przeciwzapalnych kortyzon nie mógł zostać podany zawodnikowi podczas wyścigu (uznany przez UCI za środek dopingujący), więc Vaughters znowu się wycofał. Na zakończenie sezonu udało mu się zwyciężyć w wyścigu Duo Normand – dwójkowej czasówce (w parze z Jens Voigtem).
W 2002 roku wystartował w Tour de France po raz ostatni. Nie udało mu się ukończyć wyścigu - upadł na zjeździe z Col d'Aubisque. Ten wypadek wpłynął na 30-letniego wówczas Amerykanina - poprosił on o rozwiązanie kontraktu z Crédit Agricole i ogłosił zakończenie kariery, tłumacząc to chęcią spędzania większej ilości czasu z rodzinąJonathan Vaughters retires.
Po powrocie do USA związał się jeszcze na krótko z drużyną Prime Alliance, w barwach której w 2003 roku zakończył ściganie.
Etymologia pseudonimu
Vaughters przezywany był 'El Gato', co po hiszpańsku znaczy 'Kot'. Nazwa ta wywodzi się od przygody podczas debiutu w Tour de France. W 1999 roku, podczas pierwszego etapu, w wyniku kraksy został wyrzucony z roweru ponad kierownicą, głową do przodu.