Stefana Pietrusińskiego Wojskowy Sąd Okręgowy I w Warszawie 6 września 1952 skazał na karę śmierci. Wraz z nim na śmierć skazano kpr. Hermana Dąbrowskiego (karę zamieniono później na 15 lat pozbawienia wolności), a na kary od 5 do 9 lat pozbawienia wolności – jeszcze ośmiu żołnierzy. Henryk Bąk, który za kierowanie organizacją skazany został na czterokrotną karę śmierci (później zamieniono mu wyrok na dożywocie), zeznawał w tym procesie jako świadek. Ponadto na karę śmierci skazano jeszcze Wacława Młodzianko.
Karę śmierci wykonano jedynie na Stefanie Pietrusińskim 15 kwietnia 1953 w więzieniu mokotowskim na Rakowieckiej, zdaniem historyka PSCh „z racji odbywania przez niego czynnej służby wojskowej i przekazywania Bąkowi danych «z terenu Ministerstwa Obrony Narodowej dot. rozmieszczenia i stanu liczebnego jednostek WKR i inne, stanowiące tajemnicę wojskową»”.