Sekularyzacja i dzieje współczesne Kres działalności opactwa, podobnie jak większości opactw cysterskich przypadł na rok 1810. Król pruski likwidując klasztor przejął cały jego majątek, który oszacowano na 137 tysięcy talarów. Ostatni opat jemielnicki Eugen Staniczka w księdze metrykalnej pod datą 24 listopada 1810 zanotował: "O godzinie czwartej po południu UMARŁ KLASZTOR". Cystersi nie powrócili już nigdy do Jemielnicy.
W 1812 kościół klasztorny został przekazany parafii, stając się głównym kościołem parafialnym, a dotychczasowy kościół parafialny pod wezwaniem Wszystkich Świętych został kościołem cmentarnym. Pierwszym proboszczem został dotychczasowy opat Eugen Staniczka. W następnym roku w klasztorze założono lazaret dla rannych i chorych żołnierzy francuskich uczestniczących w wyprawie Napoleona na Moskwę. Jednym z wyleczonych był według legendy Włoch Franco Sarto, ojciec papieża Piusa X.
Dobra klasztorne po sekularyzacji sprzedane zostały ostatecznie rodzinie hrabiów strzeleckich. Od 1817 zwolniono chłopów z pańszczyzny, a ziemię przekazywano im stopniowo na własność. Stan ten utrzymał się do II wojny światowej.