Pożary i dewastacje Pierwszą klęską klasztoru były wojny husyckie. Szczególnie dotkliwe straty przyniósł rok 1428, kiedy wojska husyckie, przechodząc przez wieś splądrowały i spaliły dobra klasztorne. Klasztor udało się odbudować. Niestety w 1617 padł on ofiarą potężnego pożaru, jaki nawiedził Jemielnicę. Okresem najtrudniejszym w dziejach opactwa była jednak wojna trzydziestoletnia. W 1627 wojska Mansfelda zniszczyły i spaliły nie tylko kościół i zabudowania klasztorne, ale także zdewastowały jazy i groble klasztornych stawów. Za każdym razem, dzięki staraniom mnichów, ale i mieszkańców wsi klasztor przywracany był jednak do życia.
Znaczące straty opactwo poniosło również w wyniku pożaru z 1733. Opactwo liczyło wówczas 17 mnichów. Zniszczeniu uległy obydwa kościoły, klasztor a także znaczna część wsi. Ofiarność mieszkańców, a także pomoc sąsiednich opactw śląskich pozwoliła na odbudowę, a nawet przebudowę klasztoru. Prace prowadzone były pod kierunkiem znanego architekta Georga Friedricha Gansa. Wygląd jaki wówczas uzyskały kościół i klasztor z niewielkimi zmianami dotrwał do czasów współczesnych.