W tym władze stanowe przejęły kontrolę nad miejskimi uczelniami i utworzył w 1925, w 1930, w 1937 i kilka dwuletnich uczelni.
W 1961 gubernator Nowego Jorku, Nelson Rockefeller, podpisał dekret o utworzeniu City University of New York, łącząc tym samym dotychczasowo istniejące instytucje publiczne, a także dodając do nich szkołę doktorancką. W 1979 Board of Higher Education zmienił nazwę na Board of Trustees of the CUNY. Wówczas zespół liczył 7 czteroletnich i 6 dwuletnich kolegiów, 4 szkoły cztero- i dwuletnie oraz kilka szkół branżowych.
Struktura Uniwersytet jest zarządzany przez liczący 17 członków Board of Trustees. Dziesięciu z nich wskazuje gubernator stanu, pięciu burmistrz miasta (w porozumieniu i za zgodą Senatu Stanu), dwóch jest ex-officio, jeden jest wybierany spośród studentów i przez studentów na wszystkich uczelniach, a jeden członek to niegłosujący wykładowca. Członkowie mają 7-letnią kadencję, która może być przedłużona tylko raz na kolejne 7 lat.