Rektorzy i dziekani poszczególnych instytucji odpowiadają bezpośrednio przed Board of Trustees, która również wybiera kanclerza uniwersytetu, pełniącego funkcję CE&AO (chief educational and administrative officer) całego zespołu CUNY.
Instytucje Rok utworzenia i nazwa uczelni:
Czteroletnie senior colleges 1847: City College 1870: Hunter College 1919: Bernard M. Baruch College 1930: Brooklyn College 1937: Queens College 1946: New York City College of Technology 1955: College of Staten Island 1964: John Jay College of Criminal Justice 1966: York College 1968: Lehman College 1970: Medgar Evers College
Dwuletnie community colleges 1957: Bronx Community College 1958: Queensborough Community College 1963: Borough of Manhattan Community College 1963: Kingsborough Community College 1968: LaGuardia Community College 1970: Hostos Community College 2012: Guttman Community College (zainaugurowany jako New Community College)
Szkoły podyplomowe i branżowe 1961: CUNY Graduate Center 1973: Sophie Davis School of Biomedical Education 1983: CUNY School of Law 2005: William E.