Pomimo usilnych prób rozbicia ruchu komunistycznego, partia komunistyczna utworzyła podziemne struktury. 19 lipca 1971 roku grupa sympatyzujących z komunistami wojskowych przeprowadziła pucz. Za organizację zamachu stanu odpowiedzialny był major Haszim al-Ata. W wyniku puczu an-Numajri został uwięziony przez zbuntowanych wojskowych i chwilowo utracił władzę. Do jego odbicia doszło 22 lipca, gdy wierne mu jednostki aresztowały al-Atę i jego sojuszników. An-Numajri za inspirację zamachu oskarżył partię komunistyczną – nakazał on aresztować setki komunistów i opozycyjnych wojskowych. Niektórzy z aresztowanych zostali straceni. W następstwie puczu An-Numajri wydalił wschodnioniemieckich doradców do spraw bezpieczeństwa oraz potępił Związek Radziecki i jego sojuszników za przychylność wobec zamachu stanu. W kolejnych latach zbliżył się do USA, które zaoferowały Sudanowi dostawy broniDennis Hevesi (2009). „Gaafar al-Nimeiry, a Sudan Leader With Shifting Politics, Dies at 79”. The New York Times.