Po pokonaniu puczystów an-Numajri kontynuował swoje zobowiązania co do ustanowienia państwa socjalistycznego. Tymczasowa konstytucja opublikowana w sierpniu 1971 roku, zdefiniowała kraj jako „demokrację socjalistyczną“. Konstytucja rozwiązywała Radę Dowództwa Rewolucji, jej rolę miał przejąć prezydent. We wrześniu tego samego roku an-Numajri został wybrany na prezydenta. W plebiscycie za jego kandydaturę opowiedziało się 98,6 procent głosów (według oficjalnych wyników)Diana Childress (2010). Omar Al-Bashir's Sudan. Twenty-First Century Books. s. 40. ..
Zaangażował się w rozwiązanie konfliktu z południem. 27 marca 1972 roku podpisał w Addis Abebie porozumienie z przedstawicielami tej części kraju. W wyniku umowy nadano autonomię wewnętrzną Sudanowi Południowemu. Dzień podpisania paktu był następnie obchodzony jako Dzień Jedności Narodowej. Członkowie rządu niechętni porozumieniu zostali zdymisjonowani. Kończąc spór na południu kraju, junta przystąpiła do stabilizacji północy kraju. Prezydent prowadził politykę decentralizacji administracji, a klasę urzędniczą oparł na osobach wywodzących się z obszarów miejskich, gdzie poglądy lewicowe były najbardziej widoczne. Jednocześnie Chartum potwierdził szczególną pozycję islamu, szariat uznano za źródło wszystkich aktów prawnych.