Ogromne zniszczenia majątku klasztornego powstały również 1747, kiedy to z powodu zaprószenia ognia w browarze, spłonął klasztor i całe zabudowania klasztorne.
Decyzją władz pruskich w 1793 ograniczono dochody duchowieństwa klasztornego do 50 procent. Również w tym roku, po ponad 340 latach cystersi przestali być właścicielami miasta, które stało się miastem królewskim. Trzy lata później państwo przejęło wszystkie dobra klasztorne, a w 1816 wydało zakaz przyjmowania do klasztoru nowicjuszy. Był to początek upadku opactwa.
Sekularyzacja i dzieje współczesne Ponad czterechsetletnia działalność cystersów w Wągrowcu zakończyła się w 1835 roku. Opactwo zsekularyzowano, a cystersi zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru. Kościół zakonny przekazany został pod opiekę parafii, klasztor przeznaczono natomiast na sąd i więzienie. Zlikwidowano bibliotekę klasztorną, która w momencie kasaty liczyła ponad 1940 woluminów. W czasie II wojny światowej kościół i klasztor zamknięto. Znajdowały się w nich niemieckie magazyny sprzętu sanitarnego i lekarstw. Dzieła zniszczenia dokończył pożar, będący wynikiem podpalenia budynków przez uciekających Niemców w nocy z 20 na 21 stycznia 1945. Po wojnie odbudowano zniszczone opactwo, ale nie uzyskało ono już XVIII-wiecznego barokowego blasku.