W wyniku kapituły ustanowiono samodzielną Polską Prowincję Cystersów w skład której weszły Wągrowiec, Koronowo, Oliwa, Pelplin, Bledzew, Przemęt, Obra, Paradyż, Ląd, Sulejów, Jędrzejów, Koprzywnica, Szczyrzyc, Mogiła oraz której podlegały konwenty żeńskie z Chełmna, Ołoboku, Owińsk, Żarnowca i Torunia. Na mocy przepisów ustanowionych przez kapitułę władzę nad wszystkimi klasztorami Prowincji sprawował jeden opat wybierany przez zgromadzenie wszystkich opatów (lub ich delegację), który nosił tytuł wikariusza generalnego i w imieniu opata generalnego z Citeaux sprawował jurysdykcję nad klasztorami.
Wiek XVII i XVIII to okres licznych klęsk żywiołowych oraz wojen, które przyczyniły się do znacznego zubożenia klasztoru i miasta. W latach 1655–1656 w Wągrowcu stacjonowali Szwedzi. W mieście dokonali dużych spustoszeń, a na klasztor nałożyli kontrybucję. W 1708 i 1717 miasto było niszczone przez wojska moskiewskie. Mocą zawartego ze Stolicą Apostolską konkordatu wschowskiego w 1737 roku królowie Polski mieli prawo mianować tutaj opatów komendatoryjnychHistoria Kościoła w Polsce, t. 1, cz. 2, Poznań-Warszawa 1974, s. 431..