Pozycja klasztoru i jego opatów na Śląsku szybko rosła. W 1510 opat Mikołaj IV uzyskał od papieża prawo noszenia insygniów pontyfikalnych. Był to jednocześnie ostatni opat, który został wybrany przy współudziale konwentu w Jędrzejowie. Ze względu na dekret cesarski z 1585 zabraniający cudzoziemcom dostępu do stanowiska opata, związki z macierzystym opactwem zostały całkowicie zerwane. W 1616 roku klasztor w Rudach wraz z opactwem z Jemielnicy dołączyły do opactw dolnośląskich, które już wcześniej zostały włączone do czeskiej prowincji zakonnej. W 1651 opactwa utworzyły odrębną prowincję śląską.
Okresy świetności klasztoru były zakłócane, podobnie jak w innych śląskich klasztorach, zawieruchami wojennymi. Lata kryzysu przyniosły wojny husyckie w pierwszej połowie XV wieku. Najazdy husytów i taborytów skutkowały niszczeniem mienia i grabieniem majątku. Trudny okres dla klasztoru to również lata reformacji. Mnisi przyjmując nauki Lutra opuszczali klasztor, zabierali z sobą co cenniejsze rzeczy. Kolejnym wyzwaniem były trudy wojny trzydziestoletniej. Klasztor był kilkakrotnie plądrowany i obciążany kontrybucjami. W 1625 liczba członków miejscowego konwentu spadła do pięciu.