Po zakończeniu wojny dla klasztoru nadeszły lepsze lata związane z postaciami opata Andreasa Emanuela Pospela i jego następców. Przebudowano klasztor i kościół nadając mu barokowy charakter. Zgromadzono znaczną bibliotekę klasztorną. Z tego okresu pochodzi również kaplica Najświętszej Marii Panny, w której umieszczono słynący łaskami obraz Matki Boskiej. Na północ od klasztoru wzniesiono pałac opacki. W latach 1785–1790 przeprowadzono kompleksową modernizację wystroju świątyni. Było to ostatnie przedsięwzięcie cystersów rudzkich przed sekularyzacją.
Sekularyzacja i okres książęcy Na początku XIX wieku opactwo rudzkie podzieliło los opactw śląskich. 26 listopada 1810 roku królewski komisarz odczytał w Rudach edykt sekularyzacyjny, zamykający ponad pięćsetletnią historię opactwa. W momencie ogłoszenia edyktu klasztor zamieszkiwało trzydziestu dwóch mnichów. Nakazano im natychmiastowe opuszczenie klasztoru. Część z nich pozostała w klasztorze jeszcze przez kilka lat obsługując parafię, która została utworzona w miejsce klasztoru. Ostatni cysters z Rud zmarł w roku 1856 w Cyprzanowie, gdzie pełnił funkcję proboszcza. W momencie sekularyzacji biblioteka klasztorna liczyła ponad 10 tysięcy woluminów.