Zostały one rozparcelowane po śląskich bibliotekach, a część przekazano na makulaturę.
Po sekularyzacji dobra klasztorne zostały przekazane pruskiemu ministrowi Wilhelmowi Ludwigowi Georgowi zu Sayn-Wittgenstein. Przez dwa lata funkcjonował w nich szpital wojskowy, w którym przebywali między innymi śląscy żołnierze oddziałów ochotniczych, którzy ucierpieli w walkach z armią Napoleona. W 1820 budynki klasztorne otrzymał od rządu pruskiego landgraf Wiktor Amadeusz z Hesji-Rotenburga, a po jego bezpotomnej śmierci siostrzeniec jego żony – Wiktor von Hohenlohe-Waldenburg-Schillingsfürst. Otrzymał on od króla pruskiego Wilhelma IV tytuł księcia oraz prawo do używania tytułu księcia raciborskiego (von Ratibor). Klasztor rudzki stał się w ten sposób siedzibą pierwszego księcia raciborskiego, który rozpoczął przebudowę klasztoru na rezydencję magnacką. Szczególnym zmianom poddane zostało otoczenie klasztoru, wokół którego wytyczono park i wyburzono część budynków gospodarczych. Po przebudowie pałac w Rudach miał 120 sal, gabinetów, pokoi gościnnych z łazienkami, buduarów i innych pomieszczeń. Kolejni właściciele Rud to potomkowie pierwszego właściciela, otrzymujący pałac drogą dziedziczenia.