Po krótkim pobycie w warszawskim szpitalu przeniesiono go do Domu Ozdrowieńców, który jednak musiał szybko opuścić, ponieważ bomba zniszczyła kuchnię Domu. Znalazł schronienie u Marii Rylke.

28 września skończył 28 lat. Tego dnia generał dywizji Tadeusz Kutrzeba podpisał w imieniu Wojska Polskiego akt kapitulacji. W związku z tym Jochelson postanowił opuścić Warszawę i w cywilnym stroju udać się do Wołomina, gdzie przed wybuchem wojny schroniły się jego matka i siostra.

Lata okupacji Po zakończeniu kampanii wrześniowej ojciec i brat Andrzeja Jochelsona trafili do Armii Krajowej. On sam nie brał udziału w działalności konspiracyjnej, by móc opiekować się rodziną.

30 listopada 1939 wziął ślub z poznaną przed wybuchem wojny Henryką Kowalewską. Po ślubie, 3 lutego 1940, przeniósł się z żoną i teściową do Krakowa, gdzie spędzili pięć lat.