W 1999 został wybrany kandydatem Partii Wyzwolenia Dominikany w kolejnych wyborach prezydenckich, jako że konstytucja zabraniała sprawowania prezydentury przez dwie kadencje z rzędu. W prawyborach zdobył 52,5% głosów poparcia. W wyborach prezydenckich 16 maja 2000 zdobył jednak 24,9% głosów, przegrywając z Hipólito Mejíą z Dominikańskiej Partii Rewolucyjnej (PRD), który uzyskał 49,9% głosów poparcia. Pomimo iż Mejía nie przekroczył wymaganego dla zwycięstwa już w pierwszej turze wyborów progu 50% głosów, Medina wycofał się z dalszego udziału w wyborach i uznał jego wygraną.
W czasie wyborów prezydenckich w 2004 ponownie kierował kampanią wyborczą Leonela Fernándeza, który raz jeszcze został wybrany kandydatem PLD. Po jego zwycięstwie nad Hipólito Mejíą, który dokonał zmian w konstytucji, umożliwiających sprawowanie urzędu przez dwie następujące po sobie kadencje, objął 16 sierpnia 2004 po raz drugi stanowisko sekretarza stanu Prezydencji. 7 listopada 2006 zrezygnował z tej funkcji i w prawyborach w maju 2007 ubiegał się o nominację partii w kolejnych wyborach prezydenckich. Uzyskał 28,4% głosów, przegrywając z prezydentem Fernándezem, który zdobył 71,5% głosów, a w roku następnym po raz trzeci wygrał wybory prezydenckie.