Kolejną przeszkodą w ukończeniu budowy był atak Niemiec na ZSRR w 1941, który jeszcze bardziej spowolnił prace. W czasie wojny w nieukończonym jeszcze budynku przechowywano m.in. zbiory z Galerii Tretiakowskiej, Ermitażu, Muzeum Sztuk Pięknych im. Puszkina, Carskiego Sioła czy Pawłowska. Mimo wojny Rada Komisarzy Ludowych z powodów propagandowych postanowiła, że Nowosybirski Teatr Opery i Baletu powinien zostać jak najszybciej ukończony, a jego działalność oficjalnie rozpoczęta w murach nowej placówki. W 1944 budowa była ukończona, rozpoczęto także nabór dzieci i młodzieży do szkoły baletowej.
thumb|left|240px|Widok na fasadę. 12 maja 1945 oficjalnie zainaugurowano działalność Nowosybirskiego Państwowego Teatru Opery i Baletu wystawiając Iwana Susanina Michaiła Glinki. Na czele zespołu baletowego stanął choreograf Michaił Moisiejew. Natomiast Korsarz był pierwszym wystawionym tutaj spektaklem baletowym, a pierwszymi wykonawcami m.in. Jefim Jefimow, A. Szenk, A. Egreszi i Wiera Juwatjewa. Prace wykończeniowe nad niektórymi elementami budowli miały trwać jeszcze do 1954. Ukończone wtedy północne skrzydło teatru różni się od reszty budynku i z różnych powodów (m.in. braku środków) odbiega od projektu. Brak jej monumentalności, nie zainstalowano też planowanych rzeźb i elementów dekoracyjnych.