Jeszcze w październiku 1947 przy teatrze uruchomiono placówkę muzealną. W latach 1950–1953 grupą baletową kierowali Z. Wasiljewa i A. Pawłow, a w latach 1953-1958 na jej czele stał M. Satunowski. Do zespołu baletowego należeli m.in. A. Bałabanow, A. Berdeyszew, L. Kondraszowa, K. Matiuchina. Na początku lat siedemdziesiątych na deskach teatru wystawiono m.in. Romeo i Julię, Annę Kareninę Szczedrina, Spartakusa Chaczaturiana, Sylfidę. 30 grudnia 1963 placówce przyznano tytuł teatru akademickiego i od tej pory nosi on nazwę Nowosybirskiego Państwowego Akademickiego Teatru Opery i Baletu.
W 1984 podjęto decyzję o rekonstrukcji teatru, mającą na celu jego unowocześnienie. Rozmiar prac był imponujący: wymieniono dach kopuły teatralnej, odnowiony fasady, wymieniono miejsca siedzące, odnowiono ściany oraz dekoracje, wymieniono lampy i żyrandole, a także cały sprzęt techniczny oraz audio-wizualny. Po zebraniu funduszy, w 1986 rozpoczęły się prace. Postępowały one niezwykle wolno, do 1990 ukończono je tylko w lewym skrzydle budynku. Wiele problemów nastręczało odnowienie kopuły. Technologie użyte okazały się wadliwe, co zmusiło władze do wielokrotnych poprawek (ostatnie w latach 2004-2005). W 2001 przebudowę zaczęły współfinansować rosyjskie Ministerstwo Kultury.