Średnie racje żywieniowe w 1941 dla Żydów w Warszawie wynosiły 253 kcal, 669 kcal dla Polaków, podczas gdy dla Niemców – 2613 kcal.

15 października 1941 gubernator Hans Frank wydał rozporządzenie zabraniające Żydom opuszczania wyznaczonych dla nich dzielnic pod groźbą kary śmierci.

22 lipca 1942 rozpoczęła się masowa deportacja, w czasie następnych 52 dni (do 12 września 1942), około 300 tys. osób zostało przewiezionych pociągami do obozu zagłady w Treblince. Deportacja została przeprowadzona przez 50 niemieckich żołnierzy SS, 200 łotewskich żołnierzy z batalionów Schutzmannschaften, 200 ukraińskich policjantów i 2500 członków Żydowskiej Policji Getta. W zamian za współpracę, nietykalność zagwarantowano pracownikom Judenratu, jak również funkcjonariuszom Żydowskiej Policji i ich rodzinom. Okazało się jednak, że gwarancje te działały tylko przez krótki czas.

18 stycznia 1943 część mieszkańców getta (pośród nich byli członkowie Żydowskiego Związku Wojskowego i Żydowskiej Organizacji Bojowej), stawiła zbrojny opór przeciwko kolejnym deportacjom. Ostateczne zniszczenie getta nastąpiło 4 miesiące później, po zduszeniu przez nazistów powstania, które wybuchło 19 kwietnia 1943.