Napastnicy ograbili klasztor. Nie oszczędzono naczyń i szat liturgicznych. Rozkradziono bibliotekę, profanując nawet groby. Obnażone i okaleczone ciała zakonników pochowano dopiero w sobotę 18 lutego. O pochówek postarały się dwie szlachcianki: Maksymiliana, żona burgrabiego Adama ze Sternbergu i Anna, wdowa po wicekanclerzu królewskim Henryku Písnicy. Ciała franciszkanów pochowano w pobliżu bramy w krużgankach klasztornych.
W kwietniu 1611 sąd praski skazał czternastu napastników. Zostali straceni.
Proces beatyfikacyjny W pięć lat po męczeńskiej śmierci 14 braci praskich, arcybiskup Jan Lohelius (1549-1622) kazał ekshumować ich ciała i przenieść do wspólnego grobu w jednej z kaplic w kościele Matki Bożej Śnieżnej w Pradze. Okazało się, iż ciała zakonników uległy tylko niewielkiemu rozkładowi. Relikwie zachowały się w kaplicy – obecnie św. Michała – pod ołtarzem św. Piotra z Alkantary, który ufundowano w 2. poł. XVII w. Prywatny kult ze strony mieszkańców Pragi nigdy nie wygasł. Pierwsze kroki w celu przeprowadzenia procesu beatyfikacyjnego podjęto w latach 70. XVII w. Wciąż jednak napotykano na różnego rodzaju trudności. Kolejny proces prowadzony w latach 1907–1910 również nie doczekał się szczęśliwego zakończenia.