Po dojściu Kaliguli do władzy, namiestnik czuł się na tyle zagrożony, że załamał się nerwowo i zaczął zaniedbywać swoje obowiązki. Pod koniec 37 roku mianowano następcę Flakkusa. Był nim Makron, szef cesarskiej służby bezpieczeństwa w Rzymie, którego przybycia Flakkus spodziewał się w każdej chwiliKasjusz Dion, Historia rzymska LIX 10,6.. Jednak Makron pod naciskiem Kaliguli popełnia samobójstwo. Po tym zdarzeniu Flakkus zawarł przymierze z dawnymi buntownikami, których sam zwalczał: Izydorem, Lamponem i Dionizjuszem. Osoby te były jednak wykorzystywane przez Kaligulę jako oskarżyciele, co miało później fatalne skutki dla FlakkusaUkład ten jest poświadczony przez Acta Alexandrinorum II, papirus P.Oxy.VIII 1089 (wyd. A.S.Hunt 1911 [= CPJ II 154]).. W wyniku tego układu Aleksandryjczycy wymusili na namiestniku wydanie oficjalnego edyktu antyżydowskiego, który rozpoczął pogrom Żydów w Aleksandrii, który trwał od początku sierpnia do końca września 38 roku n.e.