W 1988 roku kościół świętego Jana Bosko został zaatakowany przez oddziały Tonton Macoute Duvaliera. W masakrze przeprowadzonej przez ich członków zginęło 13 osób a ponad 70 zostało rannych. Pod koniec 1988 roku został usunięty z zakonu za głoszenie teologii wyzwolenia. Watykan jednocześnie skierował go do wyjazdu z Haiti. Na wieść o planowanym wyjeździe z Haiti, zwolennicy Aristide masowo wyszli na demonstracje i zablokowali lotnisko nie dopuszczając do opuszczenia wyspy przez duchownego. Masowe manifestacje w tym czasie były najbardziej licznymi demonstracjami w historii karaibskiego kraju. Gdy pod koniec lat 80. reżim Duvaliera został obalony w wyniku wojskowego zamachu stanu Aristide kontynuował działalność opozycyjną sprzeciwiając się rządom armii.
Wystartował w wyborach prezydenckich w 1990 roku jako kandydat lewicowego Frontu Narodowego na rzecz Zmiany i Demokracji. Zdobył w nich 2/3 głosów. Na stanowisko został zainaugurowany 7 lutego 1991 roku. Politycznym reprezentantem Aristide stał się ruch Lavalas. Wybór społeczeństwa nie został uznany również przez armię, która w 1991 roku dwukrotnie przeprowadziła zamach stanu i odsunęła go od władzy 30 września tego samego roku. Obalony prezydent udał się na emigrację do Wenezueli, a następnie Stanów Zjednoczonych.