W tym czasie stronnicy dawnego reżimu którzy utworzyli paramilitarną organizację FRAPH i rozpoczęli falę terroru przeciw zwolennikom prezydenta. Do władzy powrócił 15 października 1994 roku, gdy armia oddała mu władzę (pod groźbą zbrojnej interwencji USA). Chociaż cieszył się powszechną sympatią społeczną, jednak nie był w stanie rozwiązać problemów społecznych i gospodarczych mieszkańców kraju. W 1996 roku odstąpił od władzy. Jego następcą na stanowisku prezydenta został jego stronnik René Préval, który wygrał wybory w 1995 roku.
Wraz z odejściem od władzy stanął na czele sojuszu politycznego Rodzina Lavalas powstałego w wyniku rozpadu ruchu Lavalas (Préval stanął na czele konkurencyjnej Organizacji Politycznej Lavalas). Rodzina Lavalas wygrała wybory samorządowe i parlamentarne w 2000 roku, on sam zwyciężył w wyborach prezydenckich w 2001 roku. Wyniki wyborów zostały zakwestionowane przez opozycję i obserwatorów. Sytuacja w latach 2001-04 była niestabilna. Opozycja domagała się rezygnacji Aristide’a, dochodziło do zamieszek i zamachów. Kryzys polityczny odbił się na gospodarce. W lutym 2004 roku wybuchły wielodniowe zamieszki. Według pierwszych informacji prasowych, sam ustąpił ze stanowiska w ich następstwie. Według niego samego został porwany przez Amerykanów i siłą zmuszony do wyjazdu z kraju.