W 2022 roku wraz z żoną i wspólnikiem został zobowiązany przez sąd do zwrotu 4,5 miliona dolarów, w związku unikaniem obowiązku podatkowego poprzez otrzymywanie wynagrodzenia wypłacanego przez Portugalską Federację Piłki Nożnej, za pośrednictwem stworzonej przez siebie firmy Femacosa. Stwierdził, że nie był świadomy nielegalności tego procesu.
Ze stanowiska selekcjonera został zwolniony 15 grudnia 2022 roku, po Mistrzostwach Świata w Katarze, w których z Portugalią doszedł do ćwierćfinału. mały|271x271px|Fernando Santos podczas meczu Raków Częstochowa - Górnik Zabrze (18 lutego 2023)
Reprezentacja Polski 24 stycznia 2023 roku został oficjalnie zaprezentowany jako selekcjoner reprezentacji Polski, zastępując na stanowisku Czesława Michniewicza. Z polską kadrą narodową występował w eliminacjach do Mistrzostw Europy 2024.
24 marca 2023 zadebiutował w meczu z Czechami, który zakończył się klęską Polaków 1:3 (po 3 minutach od rozpoczęcia spotkania było już 0:2). 16 czerwca 2023, Polska pod jego przewodnictwem pokonała w meczu towarzyskim Niemców 1:0 (drugi raz w historii). W pięciu spotkaniach eliminacyjnych, zaliczył: 2 wygrane (1:0 z Albanią, 2:0 z Wyspami Owczymi) i 3 porażki (1:3 z Czechami, 2:3 z Mołdawią, 0:2 z Albanią). Mecz z Mołdawią jest uważany za największą porażkę reprezentacji w XXI wieku.