Krytykowany za brak stylu w grze, nieprawidłową selekcję piłkarzy, nie pojawianie się na ważniejszych meczach polskich klubów, kompromitujące wyniki w eliminacjach, 13 września 2023 został odwołany ze stanowiska. Był drugim po Zbigniewie Bońku najkrócej urzędującym selekcjonerem od 2002 roku. Przez kibiców uważany jest za najsłabszego selekcjonera reprezentacji.
Beşiktaş Santos powrócił do pracy klubowej 7 stycznia 2024 roku, podpisując kontrakt z Beşiktaşem z tureckiej Süper Lig. Poprowadził klub w 16 meczach (siedem zwycięstw, cztery remisy i pięć porażek). Został zwolniony 13 kwietnia 2024, zostawiając drużynę na czwartym miejscu tabeli w lidze.
Reprezentacja Azerbejdżanu 12 czerwca 2024 roku został zatrudniony na stanowisko selekcjonera reprezentacji Azerbejdżanu. 8 września 2025 roku tamtejsza federacja ogłosiła rozwiązanie kontraktu z Santosem za porozumieniem stron.
Sukcesy trenerskie FC Porto Mistrzostwo Portugalii: 1998/1999 Puchar Portugalii: 1999/2000, 2000/2001 Superpuchar Portugalii: 1999, 2000
AEK Ateny Puchar Grecji: 2002
Reprezentacja Portugalii Mistrzostwo Europy 2016 Mistrzostwo Ligi Narodów UEFA 2018/2019 Puchar Konfederacji w piłce nożnej 2017: 3.