Był dzieckiem chorowitym, delikatnym, kruchym (stąd sugestia nauki karate; początkowo bez przekonania, ale pod koniec życia twierdził, że dzięki karate-do nigdy nie musiał chodzić do lekarzy i cieszył się dobrym zdrowiem), zamkniętym w sobie i rozpieszczanym przez dziadków ze strony matki (którzy go wychowywali). Dziadek nauczył go chińskiej klasyki konfucjańskiej. W szkole podstawowej zaprzyjaźnił się z synem mistrza karate Ankō Azato. W związku z zakazem praktykowania karate, treningi odbywały się nocą i w głębokiej tajemnicy (bez dojo i zawodowych instruktorów).
Żona Funakoshiego (Gosei) była bardzo pracowita, gospodarna, cicha i wspierająca męża w jego pasji. Pod jego wpływem także zaczęła trenować karate i "osiągnęła pełne zrozumienie sztuki". Doczekali się czterech synów: Giei (Yoshihide) Funakoshi, Giyu (Yoshihio) Funakoshi, Gigō (Yoshitaka) Funakoshi, Geiketsu Funakoshi i dwóch córek: Tsuru i Uto, z których tylko Gigō (Yoshitaka) Funakoshi zdobył uznanie jako karateka (o losie pozostałych niewiele wiadomo – wydaje się, że dwoje zmarło jako dzieci).