Około 1921 roku zrezygnował z pracy w szkole (po otrzymaniu awansu na przełożonego szkoły na dalekich wyspach archipelagu – musiał zaopiekować się starą matką).
Karate W 1921 na stałe wyjechał z Okinawy do Japonii i tu rozwijał sztuki walki.
W 1936 po wieloletniej pracy nad propagowaniem sztuki walki, czy to w formie pokazów czy wydawaniu książek, Społeczny Komitet Wspierający Karate ofiarował mistrzowi budynek, w którym założył pierwsze oficjalne dojo, czyli miejsce do ćwiczeń. Ku zdziwieniu mistrza nad salą pojawiła się nazwa Shōtōkan (dom, siedziba falujących sosen), gdyż samego Funakoshiego nazywano Shōtō ("falujące sosny" - jego pseudonim literacki). Słowo shōtō można w tym wypadku rozumieć jako "szum wiatru wśród falujących sosen", zaś kan znaczy budynek, siedziba, obszerne pomieszczenie, pawilon. I tak już przyjęła się nazwa stylu i zarazem Szkoły Karate-do Shotokan, chociaż sam mistrz nie był tym faktem zachwycony, gdyż twierdził, że karate jest jedno, a dzielenie je na poszczególne style jest zwykłym wypaczeniem.
Mistrz Funakoshi nieustannie powtarzał, iż podstawowym celem treningu karate jest podsycanie w sobie ducha pokory, najważniejszej ze wszystkich postaw człowieka.