Muzea Uniwersytetu Jagiellońskiego Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Maius Muzeum Ogrodu Botanicznego i Pracownia Historii Botaniki im. J. Dyakowskiej UJ w Krakowie w Ogrodzie Botanicznym Muzeum Historii Naturalnej w Centrum Edukacji Przyrodniczej (w organizacji), obecnie cztery odrębne jednostki muzealne: Muzeum Zoologiczne UJ Muzeum Geologiczne UJ Muzeum Antropologiczne UJ Muzeum Paleobotaniczne UJ przy Ogrodzie Botanicznym Muzeum Farmacji CM UJ Muzeum Historii Medycyny CM UJ Muzeum Anatomii CM UJ Muzeum Anatomopatologiczne CM UJ Salonik Historii Pielęgniarstwa CMUJ
Muzea w strukturach pozostałych uczelni krakowskich Muzeum Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie Muzeum Historii AGH i Historii Techniki Muzeum Geologiczne Wydziału Geologii Geofizyki i Ochrony Środowiska AGH Muzeum Politechniki Krakowskiej Muzeum Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie Muzeum Ekonomii UEK – w organizacji Muzeum Ogrodnictwa Wydziału Ogrodniczego Uniwersytetu Rolniczego Muzeum Zsyłek, Wypędzeń i Przesiedleń Polaków działające w ramach Centrum Dokumentacji Zsyłek, Wypędzeń i Przesiedleń Muzeum Podręcznika Uniwersytetu Pedagogicznego