Piotr jest osamotniony.
Jako że oba dzieła miały się nawzajem uzupełniać, cechuje je podobna kolorystyka, kompozycja na tle rozległego krajobrazu oraz ruch, biegnący po okręgu wzdłuż wskazówek zegara. W latach późniejszych na obu freskach nagość zakryto draperiami tkanin. Pierwotny wygląd Ukrzyżowania św. Piotra jest znany dzięki miedziorytowi z 1567.
Historia Data rozpoczęcia prac nad freskiem jest przedmiotem sporu, w źródłach pojawiają się lata 1545 oraz 1546. Historyk sztuki Monica Girardi podaje, że w 1545 roku w Kaplicy Paulińskiej miało dojść do pożaru, który zniszczył niemal gotowe freski. Ukrzyżowanie Świętego Piotra zostało ukończone w 1550 roku. Michał Anioł nie był zadowolony z jakości obu dzieł. We wspomnieniach przyznał, że przyjął zlecenie, nie chcąc odmówić papieżowi. Pracując nad freskami Michał Anioł zmagał się z depresją.
W 2009 roku konserwatorzy odnawiający freski w Kaplicy Paulińskiej stwierdzili, że postać w niebieskim turbanie po lewej stronie fresku jest autoportretem Michała Anioła.