W sierpniu 1609 unici ostatecznie przejęli kontrolę nad monasterem. W tym samym roku władze świeckie odebrały prawosławnym wszystkie parafialne cerkwie w Wilnie (oprócz monasterskiej cerkwi św. Ducha), przekazały je unitom i podporządkowały przełożonemu monasteru Trójcy ŚwiętejDecyzję tę podjęto mimo faktu, iż nie wszyscy prawosławni mieszkańcy miasta przyjęli unię. Przez trzy kolejne lata w Wilnie trwał prawosławno-unicki konflikt wyznaniowy. Por. .