Obydwie wspólnoty przez kilkanaście lat prowadziły, poprzez publikacje pamfletów i broszur, polemikę prawosławno-unicką.

Organizacja klasztoru Trójcy Świętej stopniowo upodabniała się do modelu życia w klasztorach rzymskokatolickich. W XVIII w. monaster był głównym ośrodkiem reformy zakonu bazylianów, a jego przełożony jako protoarchimandryta miał honorowe pierwszeństwo przed innymi zwierzchnikami klasztorów tego zakonu. Po 1761 klasztor został przebudowany według projektu Glaubitza; wnętrze jego cerkwi poddano gruntownej latynizacji, wg projektu Antonio Paracca wzniesiono nową bramę wjazdową, zwaną Wrotami BazyliańskimiMariusz Karpowicz, Wileńska odmiana architektury XVIII wieku, Wydawnictwo: Muzeum Pałac w Wilanowie, Warszawa 2012, s.61-62, .

Po rozbiorach Polski, gdy Wilno znalazło się w granicach Imperium Rosyjskiego, klasztor bazylianów działał początkowo bez przeszkód. W 1823 władze carskie zarekwirowały zakonnikom część kompleksu z przeznaczeniem na więzienie, w którym przetrzymywano następnie m.in. członków towarzystw filaretów i filomatów, polskich działaczy niepodległościowych. Od 1839 (według innych źródeł - 1827) monaster Trójcy Świętej znajdował się w rękach mnichów prawosławnych, zaś od 1845 na jego terenie działało prawosławne seminarium duchowne. W latach 60. XIX w.