całość zabudowań przebudowano, by zatrzeć wprowadzony przez bazylianów zlatynizowany wygląd klasztoru, zastępując go architekturą bizantyńsko-rosyjską.
W 1915 mnisi z monasteru Trójcy Świętej udali się na bieżeństwo; tylko dwóch wróciło z niego do Wilna. W latach 1919–1937 oprócz nich w piwnicach klasztoru zamieszkiwały także mniszki z monasteru św. Marii Magdaleny w Wilnie. Większość obiektów zajmowało prawosławne seminarium duchowne, białoruskie instytucje kulturalne i edukacyjne, zaś od 1929 także wileński oddział Towarzystwa Literatów Polskich, opiekujący się zrekonstruowaną celą, w której w 1823 więziony był Adam Mickiewicz. Pomieszczenie to, znane w nawiązaniu do III części Dziadów Celą Konrada, było miejscem prestiżowych spotkań twórców literatury (Śród Literackich). Po 1937 prawosławni mnisi i mniszki opuścili kompleks, zaś cerkiew została zamknięta.