Wielkość floty systematycznie malała, ponieważ stosunkowo mały kraj zamieszkały przez milion osób nie był w stanie poważnie konkurować z nowymi europejskimi potęgami kolonialnymi, w szczególności Hiszpanią, Holandią, Francją i Wielką Brytanią. W 1580 królem Portugalii został hiszpański król Filip II Habsburg, u boku Wielkiej Armady Portugalia toczyła wojny z resztą europejskich sił, w tym najbardziej kosztowną o Brazylię. Iberyjska unia przetrwała do 1641 roku, kiedy Portugalczycy odłączyli się od Hiszpanii. W tym czasie obronili niepodległość, a także ponownie podbili Angolę i północną Brazylię, ale zostali też zmuszeni do zawarcia układów z Anglią, Francją i Szwecją, aby wymusić na Hiszpanii uznanie jej suwerenności, co osiągnęli w wyniku pokoju w 1668 roku, po wojnie hiszpańsko-portugalskiej.
W 1705 roku osiem portugalskich okrętów liniowych przeszło Cieśninę Gibraltarską, aby wesprzeć Anglików w bitwie pod Cabrita Point, w której pokonali Hiszpanów. W 1717 roku pokonali też Imperium Osmańskie w u przylądka Matapan. Od 1798 roku portugalska flota wspierała Brytyjczyków w kampanii śródziemnomorskiej przeciwko I Republice Francuskiej, zwłaszcza przy blokadzie Malty.