Wojna z Napoleonem zmusiła w 1807 roku królową Marię I do przeniesienia tronu do Brazylii; w tym celu flota ośmiu portugalskich i czterech brytyjskich liniowców odprowadziła łącznie 15 000 ludzi do nowej stolicy w Rio de Janeiro. Już w 1822 roku Brazylia ogłosiła niepodległość, a portugalskie imperium chyliło się ku upadkowi.
XIX wiek i wojny światowe thumb|Okręt obrony wybrzeża „Vasco da Gama” z końca XIX wieku (po modernizacji) thumb|Krążownik „Dom Carlos I”, XIX/XX w. W połowie XIX wieku marynarka portugalska przestała być znaczącą siłą, zwłaszcza biorąc pod uwagę rozległe posiadłości kolonialne. W 1860 roku posiadała z większych okrętów, oprócz kilku żaglowych liniowców, tylko trzy parowe śrubowe fregaty lub korwety i sześć bocznokołowców. W kolejnych latach zbudowano tylko jeden mały pancernik obrony wybrzeża (1876) i szereg mniejszych jednostek. Dopiero w latach 90. podjęto program modernizacji marynarki, na skutek którego na przełomie XIX i XX wieku zakupiono pięć krążowników, z tego cztery małe, i pierwszy niszczyciel. Największym okrętem stał się zbudowany w Wielkiej Brytanii średniej wielkości krążownik „Dom Carlos I”. Po tym nastąpił ponowny okres stagnacji w rozwoju marynarki.