Na pierwszym walnym zebraniu w dniu 20 października 1950 roku dokonano pierwszych wyborów nowych członków: do Wydziału Humanistycznego – 7, do Wydziału Przyrodniczego – 15.
Liczbę członków początkowo ograniczono do 90. Liczba ta była później powiększana sukcesywnie do 120, 144, 180, 200 i 220 członków zwyczajnych, podzielonych równo na dwa wydziały: humanistyczny i przyrodniczo-matematyczny. Warunkiem przyjęcia na członka Towarzystwa było posiadanie stopnia naukowego oraz publikacji przynajmniej dwóch prac naukowych.
W 1996 Polskie Towarzystwo Naukowe na Obczyźnie zostało wyróżnione Nagrodą im. Jerzego Łojka.
Organizacja i prace towarzystwa Zasadniczymi kierownikami pracy Towarzystwa byli przewodniczący wydziałów, profesorowie: Jan Drewnowski, Jerzy Gawenda, Bronisław Hełczyński, Stanisław Stroński, Tadeusz Sulimirski, Władysław Wielhorski, Ignacy Wieniewski i Adam Żółtowski na Wydziale Humanistycznym, zaś Kajetan Boratyński, Antoni Jakubski, Zygmunt Klemensiewicz, Józef Rotblat, Jakub Rostowski, Julian Rzóska, Adam Szanser i Roman Wajda na Wydziale Przyrodniczo-Matematycznym.