Przeprowadzono reorganizację rozgrywek, w ramach której dotychczasowa liga okręgowa zmieniła się w III ligę, a część drużyn, w tym Pogoń Prudnik, znalazły się w nowej, stanowiącej czwarty poziom lidze okręgowej. Klub zdobył mistrzostwo ligi okręgowej i awansował z powrotem do III ligi. Pod koniec 1966, w Pucharze Polski na szczeblu centralnym Pogoń pokonała w I rundzie Victorię Wałbrzych 2:0, a w II przegrała z Unią Oświęcim w rzutach karnych 3:4. W październiku 1967 Pogoń Prudnik, jako jeden z sześciu zasłużonych klubów na Opolszczyźnie, została odznaczona przez Główny Komitet Kultury Fizycznej „Medalem 100-lecia Sportu Polskiego”. Drużyna rezerwowa awansowała do klasy A. Pogoń Prudnik utrzymała się w III lidze w sezonie 1967/1968 na 11. miejscu w tabeli, wygrywając 8 meczów, remisując 10 i przegrywając 12. W sezonie 1968/1969 Pogoń przez trzy pierwsze kolejki była liderem III ligi. Ostatecznie zakończyła sezon plasując się na szóstym miejscu w tabeli. Utrzymała się w III lidze także w sezonie 1969/1970.
Lata 70. mały|Stadion Pogoni Prudnik (ok. 1970)