Sekcja piłki nożnej Pogoni liczyła w 1964 sześć zespołów: dwie drużyny seniorów (III liga i klasa B), dwie drużyny juniorów (liga wojewódzka i klasa A) i dwie drużyny piłkarzy. W sezonie 1963/1964 klub ulokował się na trzeciej pozycji w tabeli opolskiej ligi okręgowej. W meczu towarzyskim w lipcu 1964 Pogoń pokonała niemiecki klub 2:1.
10 grudnia 1964 zarząd klubu powołał komitet obchodów XX-lecia klubu. Przewodniczącym komitetu został Paweł Wojas. Obchody zorganizowano w dniach 12–26 września 1965. Odbyły się m.in. defilada na stadionie i akademia w Prudnickim Domu Kultury, podczas której wręczono klubowi sztandar ufundowany przez Radę Robotniczą „Frotexu”. Zasłużeni działacze i zawodnicy zostali uhonorowani dyplomami i nagrodami. Dla upamiętnienia pierwszego meczu w historii Pogoni (przeciwko żołnierzom Armii Czerwonej), rozegrano towarzyskie spotkanie z drużyną Znamia Truda Oriechowo z ZSRR. Sezon 1964/1965 Pogoń zakończyła na czwartym miejscu w tabeli ligi okręgowej, a sezon 1965/1966 na siódmym.