Sezon 1947/1948 Pogoń Prudnik zakończyła na 4. miejscu w tabeli klasy A. Odbyły się wówczas pierwsze rozgrywki z udziałem drużyny juniorów. 28 czerwca 1948 Pogoń pokonała na swoim boisku Polonię Bytom, występującą wówczas w I lidze. W lipcu 1948 Pogoń Prudnik zdobyła pierwsze miejsce na II Igrzyskach Włókniarzy w Łodzi, wygrywając 1:0 z ŁKS Łódź, 2:1 z Koroną Kraków i remisując z Widzewem Łódź i Włókniarzem Pabianice. W przerwie zimowej 1949 zgłoszono II drużynę Pogoni do rozgrywek klasy B. 10 marca 1949 doszło do połączenia dwóch prudnickich klubów: WZKS Pogoń i RKS Zjednoczenie. Klub przyjął nazwę ZS Włókniarz-Zjednoczenie Prudnik, kończąc sezon w ramach zrzeszenia jako Włókniarz Prudnik.
Lata 50. W ramach reorganizacji struktury organizacyjnej sportu w Polsce, na początku 1950 klub przeszedł do Zrzeszenia Sportowego, przyjmując nazwę Terenowe Koło Sportowe Włókniarz Prudnik. Jego działalność finansowała Rada Główna Zrzeszenia Sportowego „Włókniarz” w Łodzi. Część zawodników przeszła do Spójni Prudnik, która powstała w tymże roku przy Spółdzielni Spożywców „Społem”. Jako triumfator opolskiego pucharu okręgowego w 1950, Włókniarz Prudnik przystąpił do rozgrywek Pucharu Polski. Jednocześnie stał się pierwszym klubem z województwa opolskiego, który wziął udział w rozgrywkach pucharowych.