W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku Aleksander Kierski wraz z rodziną opuszczając Łuków udał się na południowy wschód w celu ewakuacji do Rumunii. Po agresji ZSRR na Polskę w okolicach Buczacza polska kolumna została otoczona przez Sowietów i zabrana do Buczacza, a następnie przewieziona do obozu w Starobielsku. Wiosną 1940 roku został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany potajemnie w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD, pod poz. 1666.
Jego grób symboliczny znajduje się na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A8-3-19/20).5 października 2007 roku minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień podpułkownikaDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON..