Jego wybór na to stanowisko zakwestionował wojewoda lubuski; według mediów Marcin Jabłoński i jego poprzednik w czerwcu i lipcu 2016 mieli przy tym siłą zajmować budynek starostwa. Ostatecznie w grudniu 2016 Naczelny Sąd Administracyjny uznał za ważny wybór Marcina Jabłońskiego na starostę. Pełnił tę funkcję do końca kadencji w 2018, kiedy po raz kolejny uzyskał mandat radnego województwa lubuskiego. W listopadzie tego samego roku został powołany na członka nowego zarządu województwa.
13 października 2023 po blisko 13 latach powrócił na funkcję marszałka, zastępując na niej swoją następczynię Elżbietę Polak. W styczniu 2024 został członkiem zarządu Związku Województw RP oraz delegatem do Kongresu Władz Lokalnych i Regionalnych Rady Europy. W 2024 utrzymał mandat radnego sejmiku na kolejną kadencję. 13 maja tego samego roku radni po raz kolejny powierzyli mu funkcję marszałka.