Rukwiel nadmorska jest gatunkiem charakterystycznym dla klasy roślinności Cakiletea maritimae (klasa nazwana w 1950 przez Reinholda Tüxena od nazwy tego gatunku) obejmującej różnorodne zespoły roślin jednorocznych kształtujące się na brzegach mórz. Oddziaływania międzygatunkowe W miejscach występowania myszaka leśnego, którego gniazda znajdują się w kępach piaskownicy zwyczajnej, liczebność rukwieli jest istotnie ograniczana. Gryzoń zjada do 95% owoców rukwieli w pobliżu swoich gniazd. Mechanizmem obronnym przed żerowaniem roślinożerców jest wytwarzanie glukozynolanów. Roślina jest wykorzystywana jako pokarmowa przez larwy chrząszczy z rodziny stonkowatych – Psylliodes marcida – i ryjkowcowatych – Ceutorhynchus cakilis – oraz motyli – bielinka kapustnika (Pieris brassicae) i Agrotis ripae. W badaniach laboratoryjnych stwierdzono, że rukwiel może oddziaływać allelopatyczne na inne rośliny, jednak nie obserwowano tego zjawiska w naturze.