Systematyka Rodzaj rukwiel najbliżej spokrewniony jest z rodzajem Erucaria. Zważywszy na rozmieszczenie gatunków rukwieli, rodzaj wyewoluował najprawdopodobniej już po zamknięciu Morza Tetydy w pliocenie. Rukwiel mogła należeć do jednych z pierwszych kolonizatorów brzegów morskich podczas ustępowania zlodowaceń. Analizy zmienności genetycznej świadczą o tym, że rekolonizacja brzegów europejskich po ostatnim zlodowaceniu nastąpiła z dwóch ośrodków, z których jeden dał początek współczesnym populacjom występującym w basenie Morza Śródziemnego, a drugi – tym z wybrzeży atlantyckich.
Gatunek został przez Karola Linneusza w 1753 zaliczony do rodzaju rukiewnik jako Bunias cakile L. Akceptowaną współcześnie diagnozę taksonomiczną gatunku ustalił Giovanni Antonio Scopoli w pracy Flora Carniolica (1772).
Zmienność thumb|Podgatunek baltica z charakterystycznymi równowąskimi łatkami liści W obrębie gatunku Cakile maritima wyodrębnia się 4–5 podgatunków różniących się budową owoców i liści: ssp. integrifolia (Hornem.) Hyl. ex Greuter & Burdet (= ssp. maritima) – podgatunek nominatywny, występuje na wybrzeżu atlantyckim od północnej Norwegii po Portugalię, w tym także wzdłuż wybrzeży Morza Północnego, oraz na Wyspach Kanaryjskich.