Dopiero wiek dziewiętnasty umożliwił wykorzystanie najistotniejszych w zaistniałych okolicznościach źródeł, jakich dostarcza archeologia, a pomimo znacznego postępu badań najbardziej podstawowe pytania wciąż pozostają bez odpowiedzi.
Człowiekiem, który jako pierwszy w czasach nowożytnych opisał pozostałości Harappy, był dezerter z armii Kompanii Wschodnioindyjskiej Charles Masson (a właściwie James Lewis), który po odłączeniu się od swojego oddziału, przez kilka lat wędrował po terytorium dzisiejszego Pakistanu. Sporządzane przez niego szczegółowe notatki zostały w latach 40. (XIX wieku) wydane drukiem i to w nich właśnie znalazł się najwcześniejszy opis starożytnego miasta, uznanego przez nieświadomego Massona za ruiny zamku. Po kilku latach jego odkrycie zbadał pobieżnie twórca Indyjskiej Służby Archeologicznej () Alexander Cunningham (notując przy okazji znaczny ubytek cegieł użytych przez Brytyjczyków jako tłuczeń do budowy przebiegającej w pobliżu linii kolejowej). Jednak tak naprawdę pierwsze poważne badania rozpoczęła w 1921 roku ekipa pod kierownictwem Johna H.