Po likwidacji getta z apteki i przez aptekę płynęła pomoc dla więźniów obozu Płaszów.
Po podziale getta na części „A” i „B” apteka znalazła się w getcie „B” w którym przebywały osoby bezrobotne, starsze i chore.
Po likwidacji getta apteka Pod Orłem funkcjonowała bez większych zmian z wyjątkiem skróconych godzin otwarcia. W okresie od likwidacji getta 13/14 marca 1943 do grudnia 1943 zaopatrywali się w niej w leki Żydzi, którzy pozostali na terenie getta: członkowie Judenratu, Ordnungsdienstu i ich rodziny. Policja żydowska pobierała tam leki dla grupy ok. 300 więźniów. Później apteka służyła nowym mieszkańcom Podgórza zasiedlającym teren byłego getta.
Po kapitulacji powstania warszawskiego (1944) apteka była miejscem spotkań artystów, którzy masowo przyjechali do Krakowa ze zniszczonej Warszawy.