Po wojnie W 1951 roku, w wyniku zmian ustrojowych w Polsce, przeprowadzono nacjonalizację aptek. Apteka Pankiewiczów Pod Orłem została przemianowana na „Przedsiębiorstwo Państwowe. Apteka Społeczna nr 31”. Wbrew przyjętym regułom na stanowisku kierownika apteki pozostawiono byłego właściciela Tadeusza Pankiewicza. Kierownikiem pozostał do końca grudnia 1953. Po Tadeuszu Pankiewiczu kierownictwo apteki przejął mgr Jan Schnayder, który kierował apteką do 1978. Po nim funkcję kierownika przejął mgr Stanisław Wójcikiewicz. Ostatnim kierownikiem apteki była mgr Szarota Nowak.

W kwietniu 1967 roku apteka została przeniesiona do budynku przy pl. Bohaterów Getta 11. W dawnych pomieszczeniach apteki Pod Orłem został otwarty „Bar Nadwiślański”, który przetrwał do 1981 roku.

Apteka „Pod Orłem” została uwieczniona m.in. w książce Tadeusza Pankiewicza Apteka w getcie krakowskim oraz filmie Lista Schindlera Stevena Spielberga, który w roku 2004 za finansowe wspieranie działalności Apteki „Pod Orłem” otrzymał tytuł Mecenasa Kultury Krakowa.

Muzeum Getta „Apteka Pod Orłem” Obecnie Apteka „Pod Orłem” jest oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa.